Angie’s Research

“Bioinformatic Analyses of Rhesus Macaca mulatta Collagenase (MMP1), a Matrix Metalloproteinase Important for Eye Development, Vision, and Ocular Diseases”, así se titula el trabajo de investigación que estoy llevando a cabo junto al Dr. Michael Rubin. Quise seleccionar un tema que combinara mis dos pasiones, la oftalmología y la genética, fue ardua la búsqueda pero finalmente se logró enlazar ambas en un proyecto que fuese posible desarrollarlo con los recursos que estaban a nuestro alcance y que cumpliera con nuestras expectativas. Elegimos realizar un estudio sobre las metaloprotreinasas, específicamente MMP-1 basándonos en la importancia de este gen en la regulación de la conducta celular. Estos genes tienen un rol muy importante, en varios procesos biológicos, pero los mecanismos que explican de que manera influyen no se conocen todavía (Sternlicht and Werb, 2001). El análisis molecular y funcional de esta metaloproteinasa puede brindar nueva información sobre cómo podemos regular el funcionamiento normal del gen, lo cual puede se parte clave del desarrollo de nuevos métodos para prevenir o tratar enfermedades, especialmente las relacionadas con la visión. Un método para entender cómo los MMPs promueven las enfermedades y cómo estas pueden se tratadas es mediante el desarrollo de pruebas genéticas in vivo donde se analicen las consecuencias de perdida o ganancia de la función de los MMPs.

Como preámbulo al comienzo de los experimentos en el laboratorio he tenido que realizar una revisión de literatura para nutrirme de la información necesaria para entender el tema bajo estudio. Este trabajo de investigación envuelve la práctica de muchas técnicas de laboratorio entre estas; el análisis bio-informático de las secuencias de los genes, el diseño de primers, la amplificación (PCR) y clonaje de los genes. Pero no fuese posible desarrollar este proyecto si no contara con la colaboración del Dr. Michael Rubin, quien es profesor de genética de la Universidad de Puerto Rico en Cayey ha sido un honor para mí. El Dr. Rubin se caracteriza por el empeño que pone en la enseñanza dentro del salón de clases, pero también su entrega a la investigación lo hace digno de admiración. De él he aprendido que la responsabilidad y el esfuerzo son factores claves para realizar una labor exitosa. 

25 Marzo 2008.

Técnicas de laboratorio:

Durante los dos primeros meses del desarrollo de mi proyecto de investigación de tenido la oportunidad de trabajar con Bio-informática. La Bioinformática es un campo de la ciencia constituida por varias disciplinas tales como: biología, computación y tecnología de la información. Esta disciplina nos facilita principalmente la investigación genómica.  Como parte de mi investigación se encuentra el análisis de los genes MMPs, es por esta razón que hemos comenzado empleando técnicas de bioinformática con el propósito de analisar las secuencias de dichos genes. Hasta el momento he tenido la oportunidad de aprender y utilizar las sigientes técnicas:

1- Extracción de las secuencias de los genes de la página del “National Center for Biotechnology Information (NCBI) ” = obtener la secuencias de amino ácidos, mRNA, entre otros.

2- Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) = identificar regiones de similitud local entre secuancias de MMPs en Rhesus, Primates y Mamíferos.

3- Multiple Sequence Alignment (MSA) = alinear las secuancias extraídas de NCBI.

4- Secuancias Anotadas = donde se identifican intrones, exones y regiones conservadas entre las secuencias para determinar distancia entre las últimas.

5- Diseño de Primers = utilidad en la replicación de DNA.